ปัจจุบันมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช ประกอบด้วย 7 ส่วนงาน คือ
สำนักงานสภามหาวิทยาลัย
จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช พ.ศ. ๒๕๕๓ โดยสำนักงานสภามหาวิทยาลัยมีภาระหน้าที่ความรับผิดชอบในงานเลขานุการและสารบรรณ รวมทั้งสนับสนุนงานของสภามหาวิทยาลัย และภาระหน้าที่อื่นตามที่สภามหาวิทยาลัยหรืออธิการบดีมอบหมาย
สำนักงานอธิการบดี
สำนักงานอธิการบดี มีภาระหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานด้านทรัพยากรบุคคล งานธุรการ การเงินการคลัง งบประมาณบัญชี พัสดุ นโยบายและแผน เทคโนโลยีสารสนเทศ วิเทศสัมพันธ์ นิติการ การติดตามประเมินผล การประกันคุณภาพ การจัดทำรายงานประจำปีของมหาวิทยาลัย รวมทั้งสนับสนุนและส่งเสริมการดำเนินงานตามพันธกิจต่าง ๆ ของมหาวิทยาลัย ทั้งด้านวิชาการ การวิจัย การบริการวิชาการแก่สังคม งานกิจการนักศึกษา และภาระหน้าที่อื่นตามที่สภามหาวิทยาลัยหรืออธิการบดีมอบหมาย
คณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาล
วชิรพยาบาล เป็นโรงพยาบาลแห่งแรก ๆ ที่เกิดขึ้นในประเทศไทย สถาปนาขึ้นโดยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว พระองค์ทรงสละพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์จัดซื้อที่ดินพร้อมด้วยตึกและสิ่งปลูกสร้าง มอบไว้เป็นสาธารณสถานแก่ประชาชนโดยให้เป็นที่พยาบาลผู้ป่วยไข้ ทั้งนี้ พระองค์ได้เสด็จพระราชดำเนินมาเปิดโรงพยาบาลเมื่อวันที่ ๒ มกราคม พ.ศ. ๒๔๕๕ พร้อมทั้งพระราชทานนามโรงพยาบาลว่า “วชิรพยาบาล” ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๒๘ วชิรพยาบาลได้ร่วมมือกับมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ในการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ โดยมีการใช้วชิรพยาบาลเป็นโรงพยาบาลสำหรับการเรียนการสอนนักศึกษาแพทย์ ในชั้นคลินิก
ภายหลังกรุงเทพมหานครได้มีแนวคิดที่จะเปิดโรงเรียนแพทย์เป็นของตนเอง วิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานครจึงได้รับการก่อตั้งขึ้นอยู่ภายใต้สังกัดสำนักการแพทย์กรุงเทพมหานคร ตามประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ ๒๘ มกราคม ๒๕๓๖ ทั้งนี้ เข้าเป็นสถาบันสมทบของมหาวิทยาลัยมหิดล เป็นต้นมา จนกระทั่ง พ.ศ. ๒๕๔๑ ได้รวม “วิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานคร” และ “วชิรพยาบาล” เข้าเป็นหน่วยราชการเดียวกันโดยใช้ชื่อว่า “วิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานครและวชิรพยาบาล” (วพบ.) และเมื่อมีการจัดตั้งมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช จึงได้เปลี่ยนเป็นคณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาล ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๕๕๓ เป็นต้นมา โดยคณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาลมีภาระหน้าที่และความรับผิดชอบเกี่ยวกับการบริหารทางด้านการศึกษา การควบคุมการสอน และการจัดการศึกษาเพื่อผลิตบัณฑิตและบุคลากรทางการแพทย์ ทุกระดับ ตลอดจนผู้เชี่ยวชาญเฉพาะทางหลายสาขา พัฒนาหลักสูตร และปรับปรุงการศึกษาทางการแพทย์ให้ได้มาตรฐานสากล ส่งเสริม สนับสนุน ค้นคว้า และวิจัยทางการแพทย์ การให้บริการทางการแพทย์ที่มีคุณภาพแก่ประชาชน ด้านการบำบัด การส่งเสริมสุขภาพอนามัยและป้องกันโรค และให้บริการทางวิชาการแก่สังคมตลอดจนการทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม จารีตประเพณี ภูมิปัญญาท้องถิ่น สิ่งแวดล้อม กีฬา ค่านิยมอันดีงามของไทยและวัฒนธรรมองค์กร รวมทั้งภาระหน้าที่อื่นตามที่สภามหาวิทยาลัยหรืออธิการบดีมอบหมาย
คณะพยาบาลศาสตร์เกื้อการุณย์
คณะพยาบาลศาสตร์เกื้อการุณย์พัฒนามาจากการควบรวมกิจการของวิทยาลัยพยาบาลในสังกัดกรุงเทพมหานคร ๒ แห่ง ซึ่งแต่ละแห่งมีประวัติและความเป็นมาโดยย่อ ดังนี้
แห่งแรก คือ โรงเรียนพยาบาลผดุงครรภ์และอนามัยวชิรพยาบาล เริ่มเปิดดำเนินการเมื่อวันที่ ๒๐ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๔๙๗ โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อผลิตพยาบาลช่วยแก้ไขปัญหาการขาดแคลนพยาบาลที่ปฏิบัติงานในโรงพยาบาลและศูนย์บริการสาธารณสุข ของเทศบาลนครกรุงเทพ ต่อมาได้มีการปรับปรุงหลักสูตรและเปลี่ยนสถานภาพเป็นวิทยาลัยพยาบาลอนามัยและผดุงครรภ์วชิรพยาบาล เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๑๕ ขณะที่โรงเรียนพยาบาลโรงพยาบาลกลางเปิดดำเนินการเมื่อวันที่ ๑๗ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๑๓ และในปี พ.ศ. ๒๕๑๙ คณะผู้บริหารกรุงเทพมหานครเห็นว่าวิทยาลัยและโรงเรียนทั้ง ๒ แห่ง มีวัตถุประสงค์ในการดำเนินการเช่นเดียวกัน จึงได้รวมกิจการเข้าด้วยกัน และได้ขอพระราชทานนามจากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชมหาราช ซึ่งพระองค์ได้ทรงพระราชทานนามว่า “วิทยาลัยพยาบาลเกื้อการุณย์” สังกัดสำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร จัดเป็นสถาบันการศึกษาระดับอุดมศึกษาแห่งแรกของกรุงเทพมหานครและเมื่อมีการจัดตั้งมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช จึงได้เป็นคณะพยาบาลศาสตร์เกื้อการุณย์ ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๕๕๓ เป็นต้นมา โดยคณะพยาบาลศาสตร์เกื้อการุณย์ มีภาระหน้าที่และความรับผิดชอบเกี่ยวกับ การบริหารทางด้านการศึกษา การควบคุมการสอน การพัฒนาหลักสูตร การพัฒนาคุณภาพการศึกษา และการจัดการศึกษาเพื่อผลิตบัณฑิตสาขาพยาบาลศาสตร์และบุคลากรพยาบาลอื่น ๆ การส่งเสริม สนับสนุนงานวิจัยเพื่อพัฒนางานด้านการศึกษาและการปฏิบัติการพยาบาล การให้บริการทางวิชาการและวิชาชีพแก่สังคม ตลอดจนการทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม จารีตประเพณี ภูมิปัญญาท้องถิ่น สิ่งแวดล้อม กีฬา ค่านิยมอันดีงามของไทยและวัฒนธรรมองค์กร รวมทั้งภาระหน้าที่อื่นตามที่สภามหาวิทยาลัยหรืออธิการบดีมอบหมาย
วิทยาลัยพัฒนามหานคร
สภามหาวิทยาลัยนวมินทราธิราชในการประชุมครั้งที่ ๑๑/๒๕๕๖ เมื่อวันที่ ๑๙ กันยายน ๒๕๕๖ มีมติให้จัดตั้งวิทยาลัยพัฒนามหานคร และมีประกาศมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช เรื่อง การจัดตั้งส่วนงานในมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช (ฉบับที่ ๒) พ.ศ. ๒๕๕๖ ซึ่งลงประกาศในราชกิจจานุเบกษาเล่มที่ ๑๓๐ ตอนพิเศษ ๑๙๐ ง วันที่ ๒๖ ธันวาคม ๒๕๕๖ โดยวิทยาลัยพัฒนามหานครมีภาระหน้าที่และความรับผิดชอบในการจัดการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา เพื่อผลิตบัณฑิตผู้เชี่ยวชาญเฉพาะสาขาวิชาที่เกี่ยวกับการพัฒนามหานครและเมือง ทำวิจัยและสร้างเครือข่ายภาคีการวิจัยร่วมกับหน่วยงานอื่นเพื่อสร้างเสริมองค์ความรู้เพื่อการพัฒนาเมืองและมหานคร จัดระบบการรวบรวมภูมิปัญญาและประสบการณ์ของปราชญ์ท้องถิ่น จัดทำเป็นคลังความรู้มหานครและเมือง ให้บริการการศึกษา การวิจัย และบริการสารสนเทศ อันจะนำไปสู่การให้คำปรึกษา แนะนำ รวมทั้งการให้บริการฝึกอบรมเพื่อเพิ่มพูนศักยภาพทรัพยากรบุคคลของหน่วยงานอื่น อันจะนำไปสู่การปรับปรุงและพัฒนากิจการสังคมให้ดียิ่งขึ้น รวมทั้งภาระหน้าที่อื่นตามที่สภามหาวิทยาลัยหรืออธิการบดีมอบหมาย
วิทยาลัยพัฒนาชุมชนเมือง
สภามหาวิทยาลัยนวมินทราธิราชในการประชุมครั้งที่ ๑๑/๒๕๕๖ เมื่อวันที่ ๑๙ กันยายน ๒๕๕๖ มีมติให้จัดตั้งวิทยาลัยชุมชนเมืองแห่งกรุงเทพมหานคร และมีประกาศมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช เรื่อง การจัดตั้งส่วนงานในมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช (ฉบับที่ ๒) พ.ศ. ๒๕๕๖ ซึ่งลงประกาศในราชกิจจานุเบกษาเล่มที่ ๑๓๐ ตอนพิเศษ ๑๙๐ ง วันที่ ๒๖ ธันวาคม ๒๕๕๖
เดิมชื่อวิทยาลัยชุมชนเมืองแห่งกรุงเทพมหานครต่อมามีประกาศมหาวิยาลัยนวมินทราธิราช เรื่องการจัดตั้งส่วนงานในมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช (ฉบับที่ ๓) พ.ศ. ๒๕๖๐ ได้เปลี่ยนชื่อเป็นวิทยาลัยพัฒนาชุมชนเมือง ซึ่งลงประกาศในราชกิจจานุเบกษาเล่มที่ ๑๓๔ ตอนพิเศษ ๑๓๓ วันที่ ๑๖ พฤษภาคม ๒๕๖๐ ภาระหน้าที่และความรับผิดชอบในการจัดการศึกษาระดับอุดมศึกษา ทั้งสายวิชาการ สายวิชาชีพ และฝึกอบรม ในหลักสูตรและสาขาวิชาที่สอดคล้องกับความต้องการของประชาคมเมือง เพื่อพัฒนาทักษะและคุณภาพชีวิตของประชาชนในเขตกรุงเทพมหานคร การสร้างเครือข่ายความร่วมมือทางวิชาการ การวิจัย และการบริการทางวิชาการร่วมกับกรุงเทพมหานครหน่วยงานภาครัฐ ภาคเอกชน และภาคประชาชนทั้งในประเทศและนานาชาติ การทำนุบำรุงส่งเสริมศิลปวัฒนธรรมและภูมิปัญญาของชุมชน เป็นแหล่งเรียนรู้ตลอดชีวิตของประชาคมเมือง รวบรวมองค์ความรู้ สนับสนุนการถ่ายทอดความรู้ทักษะความเชี่ยวชาญด้านต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้อง รวมทั้งภาระหน้าที่อื่นตามที่สภามหาวิทยาลัยหรืออธิการบดีมอบหมาย
คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีสุขภาพ
สภามหาวิทยาลัยนวมินทราธิราชในการประชุมครั้งที่ ๑๐/๒๕๖๐ เมื่อวันที่ ๒๙ พฤศจิกายน ๒๕๖๐ มีมติให้จัดตั้งคณะวิทยาศาสตร์และเทคโลยีสุขภาพ และมีประกาศมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช เรื่อง การจัดตั้งส่วนงานในมหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช (ฉบับที่ ๓) พ.ศ. ๒๕๖๐ ซึ่งลงประกาศในราชกิจจานุเบกษาเล่มที่ ๑๓๕ ตอนพิเศษ ๔๗ ง วันที่ ๕ มีนาคม ๒๕๖๑
โดยคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีสุขภาพ มีภาระหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับการจัดการศึกษา การพัฒนาหลักสูตร การจัดการศึกษาทั่วไป การพัฒนาคุณภาพการศึกษา เพื่อผลิตบัณฑิตและบุคลากรในสาขาวิชาด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีสุขภาพ การวิจัยเพื่อพัฒนางานด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีสุขภาพการให้บริการทางวิชาการและวิชาชีพแก่สังคมตลอดจนการทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรมจารีตประเพณี ภูมิปัญญาท้องถิ่น สิ่งแวดล้อม กีฬา ค่านิยมอันดีงามของไทยและวัฒนธรรมองค์กร รวมทั้งภาระหน้าที่อื่นตามที่สภามหาวิทยาลัยหรืออธิการบดีมอบหมาย